然而,像其他任何事物一样,证券投资基金也不是一种十全十美的投资方式,也有其自身的局限性。这主要表现在以下几个方面：
第一,证券投资基金是一种间接性投资工具,人们投资于基金,就等于失去了直接参与证券投资和其他行业投资的机会,虽然省去了不少精力和麻烦,且总体回报也较有保障,但短期收益有可能会比直接投资所获得的回报低。
第二,证券投资基金可以分散投资,降低风险,但不能完全消除风险。这是因为,在市场经济条件下,任何投资活动和投资行为都要承担一定的风险。风险大、收益高；风险小,收益也少。证券投资基金的风险可能来自于政治和经济、政策或法令的变更等外在因素,也可能来自于管理人的管理不善等内在因素。但是,由于证券投资基金是一种间接性的投资工具,因而基金的风险也主要是间接性风险。但无论如何,投资者还是应该对证券投资基金的风险有明确的认识,以增强承受风险的心理能力。
第三,在股市出现空头、行情看淡时,证券投资基金的表现可能比股市还差；而股市看好时,如证券投资基金持股太低,其获利反而不如投资股票。这是因为按法令或政策规定,证券投资基金必须把投资目标和策略登载在公开说明书上,并据以执行投资。如果基金经理做较大的更改来保护基金资产,可能会违反既定的策略。因此,他们通常也只能力求把损失减少到最低程度。当投资基金收益偏低时,许多基金经理不愿将大部分股票换成现金；而即使把股票换成现金有时也很冒险,特别是当这些股票是冷门股或交易量很大时。上述这些情况在一定程度上限制了投资基金操作的灵活性。
第四,证券投资基金只宜作中长线投资,而不宜做短线炒卖。投资者如果频繁买卖基金,所支付的手续费可能会较高,从而增加了投资成本。
尽管证券投资基金存在着上述种种局限,但与其诸多优势相比,权衡利弊,仍值得大力推广。20世纪90年代初,美国已有1万多亿美元投资于共同基金,大约每4户人家就有1户投资于共同基金,共同基金在美国已成为最普遍、发展最为迅速的投资工具。我国的投资基金发展起步较晚,但是短短几年中基金业务已经取得了很大进步,在我国建立和完善社会主义市场经济体制的新形势下,基金在我国将会有巨大的发展潜力和广阔的前景。